Это старая версия документа!
Установка SDL2 в Linux.
Скорее всего у вас установлена 64 битная система, поэтому необходимо производить компиляцию следующим образом:
sudo apt-get install gcc-multilib g++-multilib ./configure --host=i386-linux "CFLAGS=-m32" "CXXFLAGS=-m32" "LDFLAGS=-m32"